《二二八事件處理及補償條例》於民國八十四年四月七日公布。同年五月，內政部擬訂本會組織章程，七月，奉行政院核定，並指定內政部為主管機關；在基金會尚未正式成立之前，由內政部主管司社會司展開籌設事宜。
壹、基金會成立依據：
一、依據
二二八事件處理及補償條例（以下簡稱二二八條例）
財團法人二二八事件紀念基金會捐助暨組織章程（以下簡稱本會組織章程）
二、目的
以處理二二八事件補償事宜，並使國人瞭解事件真相，撫平歷史傷痛，促進族群融和為目的。
三、辦理事項
（1）二二八受難者之認定及給付補償金。
（2）舉辦二二八事件紀念活動。
（3）舉辦協助國人瞭解二二八真相之文宣活動。
（4）二二八事件教材或著作之補助。
（5）二二八事件有關調查、考證活動之補助。
（6）其他有助平反受難者名譽，促進台灣社會和平之用途。
貳、召開籌備董監事會議
依二二八條例及本會組織章程之規定，董事由行政院選聘，其中政府代表四人係由內政、教育及法務部部長以及行政院政務委員兼任之，另受難者及其家屬代表四人、學家專家三人及社會公正人士四位，共計十五人；監事三人則分別由財政部部長、主計處主計長及監察院審計長兼任。
第一次董監事會議：
八十四年十月二十一日假台北市徐州路五號十樓（中央辦公大樓）召開，重要決定事項包括：
（1）選舉董事長：由行政院張政務委員京育當選。
（2）創立基金：由政府循預算程序捐助新台幣肆千萬元整作為創立基金。
（3）組織章程訂定日期：將章程第十六條：﹁本章程訂於○年○月○日﹂以第一次董監事會議日期八十四年十月二十一日為組織章程訂定日期填列。
（4）通過本會八十五年度業務計畫。
第二次董監事會議：
八十四年十一月十八日假台北市徐州路五號八樓（中央辦公大樓）召開，重要決定事項：
（1）執行長之聘任：通過提名劉興善為本會執行長。
（2）訂定本會組織設置要點。
（3）訂定二二八事件受難者補償金申請認定及發放作業要點、補償金申請書、申請程序流程圖。
（4）主事務所之設置：台北市忠孝東路一段八十五號九樓。
第三次董監事會議：
八十四年十二月十六日假本會（台北市忠孝東路一段八十五號九樓）會議室召開，決議事項：
（1）處理期間之認定：二二八條例第九條第三項：「前項情形紀念基金會應於收受後三個月內處理完畢。」上開三個月內處理完畢，董事會在參考法務部列席人員以及監事所提依法須配合預算程序之意見，董事會認為依條文、法理、預算規定，應為有彈性之「訓示期間」，如有爭議應由有權解釋機關，如立法院、法院解釋。
（2）修正本會組織設置要點：將「企劃組」、「業務組」、「行政組」修改為「企劃處」、「業務處」、「行政處」。
參、完成設立登記
（1）許可設立：內政部於八十五年一月四日（台八五）內社字第8435711號函許可設立。
（2）法人登記：八十五年一月十一日經台北地方法院完成法人設立登記。